生理盐水冲洗眼睛，能够冲洗结膜囊处的分泌物，同时也能够冲走残留在结膜囊，眼睑结膜以及眼珠表面的各种异物，包括有毒性、刺激性的化学物体等，这样就能削弱各种病原体的作用，减少异物对组织的损伤，防止继发性感染的可能性。
比如眼部外伤以后，各种异物入眼，如果是细小的沙尘状的固体异物，或者有刺激性的化学液体，通常需要用生理盐水冲洗眼睛；急性结膜炎患者病情加重时，眼睛结膜囊处有大量的脓性分泌物。
通常可以考虑用生理盐水冲洗，能够有效地缓解症状，有利于病情的好转；眼部手术前，常规用生理盐水冲洗结膜囊，目的是减少术后继发性感染的可能。