泮托拉唑是一种质子泵抑制剂，临床上消化科用药主要用于抑制酸分泌，泮托拉唑可以选择性地作用于胃黏膜的壁细胞。壁细胞分泌胃酸，通过作用于胃黏膜的壁细胞，就抑制壁细胞中的氢-钾ATP酶的活性，就使得壁细胞里面的氢不能转运到胃里面，从而能抑制胃酸的分泌。
因此，泮托拉唑可以起到抑制酸分泌的作用，通过抑制酸分泌就可以治疗临床上与酸相关的一系列疾病，比如胃溃疡、十二指肠溃疡及胃食管反流、慢性胃炎。
同时根除幽门螺杆菌时，也需要同时服用质子泵抑制剂，可以选择泮托拉唑，对于溃疡引起的上消化道出血也非常有效，如胃泌素瘤，即卓-艾综合证，也是一种高酸的状态，都可以起到抑制酸分泌的作用。