肺部CT结核可能会出现误诊，因为肺结核的影像学特点要与肺炎、肺肿瘤相鉴别，有时是难于鉴别的，需要通过其他的辅助检查，进行明确诊断，例如需要完善痰查抗酸杆菌的检查。如果患者的痰中查到抗酸杆菌，可确诊为活动性的肺结核。
如果患者结核与肿瘤难以鉴别时，可以完善支气管镜检查。如果患者的支气管镜查到抗酸杆菌，可确诊为活动性的肺结核。如果患者的支气管镜查到癌细胞，可确诊为肺恶性肿瘤，同时肺结核的患者会出现PPD试验的强阳性，血沉会出现增快。