腔隙性脑梗塞的治疗，主要是口服阿司匹林抗血小板聚集治疗。如果对阿司匹林不能耐受，也可口服氯吡格雷，同时口服他汀类药物，临床上常用有阿托伐他汀、辛伐他汀。如果患者有高血压或糖尿病史，应积极给予调控。常用的降血压药物，主要有氨氯地平、厄贝沙坦，也可应用缬沙坦、依那普利等。
如果患者有糖尿病史，首选二甲双胍口服，必要时也可应用胰岛素行降糖治疗，尽量使患者的糖化血红蛋白控制在六左右。如果患者有高同型胱氨酸血症时，应积极给予调控，口服维生素B6、叶酸片、甲钴胺。同时如果患者躯体症状和体征严重，也可进行针灸治疗和康复治疗。