HPV一般可以分为160多种亚型，而亚型又分为两大种类型，可以分为低危型和高危型。低危型和高危型HPV病毒导致的疾病不同，致病性也有所不同。低危型HPV病毒往往导致的是生殖道尖锐湿疣的发生，常见的为HPV6、HPV11这两种类型。
高危型HPV病毒长期持续存在感染，可能会导致宫颈恶性病变。高危型HPV病毒的致病性也有所不同，其中HPV16、HPV18的致病性最强，可能会导致70%宫颈癌的发生，而在亚洲女性中，HPV31、HPV33、HPV52、HPV58等类型的HPV感染也较常见。