肠道检查医生一般要根据病人的临床表现、一般情况选择不同的诊断和治疗方法。目前临床比较常用的肠道检查方法有粪便常规加隐血检查、粪便培养找病原菌、X线钡灌肠、消化道造影检查、小肠镜、胶囊内镜、结肠镜及肛肠镜检查等。
大肠疾病首选的检查方法是大肠镜检查，对于个别发生在小肠疾病的患者可以行小肠镜检查。对于一些长期腹痛、腹泻、消化道出血的病人，在做了结肠镜、胃镜、消化道造影等检查后无法找到病因者可选择胶囊内镜检查。
但如怀疑和或确定有肠梗阻、有严重心律失常并安装起搏器的患者、有肠粘连、肠道狭窄或憩室病史者，要谨慎选择胶囊内镜检查。通常胃肠镜检查难以明确消化道出血的原因者，可行血管造影检查，有时也借助腹部CT、腹部B超协助进行肠道疾病检查，主要适用于一般情况差、不能耐受胃肠镜检查或作为辅助检查的手段。
临床上选择检查的原则应为先考虑常见疾病，应遵从无创到有创、从价格便宜到价格贵的临床诊疗思路，但最重要的是应该根据病人病情的需要选择检查。