进出肝门的结构主要为三个肝门，第一和第三肝门主要是进入肝脏的血流，也称为流入道，而第三肝门是肝静脉回流的通道，也称为流出通道。第一肝门包括肝动脉、门静脉、胆管以及淋巴、神经、纤维、脂肪组织等，一般肝动脉、门静脉、胆管呈品字形结构，在手术当中解剖非常重要，是暴露肝门的毕经之处。第二肝门是肝左、肝中、肝右静脉汇入下腔静脉的通道。手术切肝第二肝门要显露，必要时进行全肝血流阻断。而第三肝门是下腔静脉短小的分支，也称为肝短静脉。现在临床上又逐渐形成第四肝门，是门静脉的细小分支汇入。