新生儿脑部囊肿根据出现部位以囊肿大小的不同，消除的时间也有很大的差异性。
若是皮下的一些小囊肿，随着年龄增大可能会自然消失，此时应定期观察，不需要过多的干预。但若皮下囊肿较大或所在部位可能会影响脑的发育时，部分患者可能随着时间的推移，其囊肿会出现不断的增大，影响大脑功能，这种患者的相关治疗应该到专科医院，根据孩子的情况制定治疗方案。因此，若新生儿脑部出现囊肿，应及时到医院就诊，进行评估是否需要药物干预，甚至是手术治疗，以便缓解症状。
新生儿脑部囊肿宜尽早就诊，在治疗过程中应遵医嘱，注意观察新生儿的症状改善状况，还应确保治疗过程中新生儿的营养供应。