PCP型肺炎能够治愈，患者需要卧床休息并吸氧，改善通气功能状态，注意水电解质平衡。如果患者有进行性呼吸困难，可以用呼吸机辅助呼吸，缺氧严重的患者要在ICU监测的状态下治疗。艾滋病合并PCP型肺炎的患者经机械通气辅助呼吸治疗之后生存率可以提升到40%，对于其他病原体引起的感染应该给予相应的治疗。
艾滋病合并PCP型肺炎患者的疗程是为三周，非艾滋病患者的疗程为两周，常用的药物是磺胺甲氧嘧啶、复方磺胺甲恶唑或者依西酸喷他脒，再就是氨苯砜和TMP（甲氧苄胺嘧啶），还有卡泊芬净。糖皮质激素作为辅助治疗能够使抗生素发挥最大效率，激素应该在磺胺甲氧嘧啶、复方磺胺甲恶唑服用前的15-30分钟给药。