一般不建议胃镜肠镜一起检查，因内镜长度有限，另一方面胃镜肠镜检查前要求亦不相同，同时检查相关不适反应亦会增大。
另外胃镜一般检查之前两天建议尽量减少食物的摄入，检查前晚上不要喝牛奶、少吃辛辣刺激食物，避免喝酒、吃油腻之品，检查前天晚上八点以后不要再食用食物或零食，当天早上不要吃东西等，胃镜做完之后的两个小时可以吃流质食物。
肠镜则需要检查之前一般需要进行肠道清理，保持肠道清洁，以免干扰检查，检查之后不能吃辛辣的刺激的或者坚硬食物，此外不要抽烟、喝酒及不要干重体力活动，适当休息，因此不建议同时检查。如果需要，建议可以通过胶囊内镜检查整个消化道，但是价格昂贵。