肾结石碎石三天腰酸，主要的原因可能有两个因素：1、体外震波碎石，直接对肾脏的结石冲击，其实在这个通路上会对腰肌形成一定的损伤，就像平时腰肌劳损一样，损伤大概反反复复会有腰酸的表现，可以通过推拿按摩等处理缓解。2、体外震波碎石之后，结石在排的过程当中会产生肾绞痛的表现，也会引起腰痛。在排石过程中有大的结石，甚至引起肾脏的积水，这种腰痛、腰酸的症状会持续比较长的时间。尤其是碰到结石下不下来，积水严重的患者，甚至还需要做输尿管镜激光碎石手术解决结石问题。所以具体情况最好是检查清楚，针对进行治疗才比较好。