胃窦溃疡的最主要症状是上腹部疼痛，疼痛性质可以是胀痛、绞痛、烧灼样痛或者针扎样痛。疼痛发作时间主要与进餐有关，多半是在餐后0.5-1小时左右开始出现，持续至空腹时症状逐渐缓解，下次进餐后0.5-1小时左右症状会再次出现，周而复始发作，其是慢性过程。除此之外，还会出现反酸、腹胀、饮食欠佳、食欲不好、恶心、干呕或者呕吐等症状。如果合并有出血，患者可能会有黑便，严重者可以有呕血症状出现。如果溃疡的位置靠近幽门管可能会出现不全性幽门梗阻的症状，最主要的表现为恶心、呕吐、腹胀。