多动宁胶囊的副作用临床上并不多见，但是多动宁胶囊主要是针对儿童有副作用，因为儿童的肠胃功能比较娇嫩，长期服用多动宁胶囊容易造成孩子脾胃损伤。另外，从药物的组成成分来看，多动宁胶囊的主要成分有黄柏、石昌朴，长期服用有肝脏受损的风险。
因此，如果长期服用，最好在医生的指导下服用。如果在服药的过程中，出现不良反应、肝功能受损的情况下，一定要及时去找医生咨询，以防止发生不良反应的出现。多动宁胶囊的保存方法，不要温度太高，最好不要超过20℃，以免出现药物的副作用，或者药物的变质。