排大便时肛门疼痛原因有很多，常见的有以下几种：第一、肛裂、粪便干结容易损伤肛管皮肤从而导致裂伤形成肛裂。肛门疼痛是肛裂的主要症状，用力排便时肛管裂开，有时疼痛呈刀割样或者烧灼痛，在排便以后数分钟内疼痛减轻或者消失，在排大便后半小时出现反射性的内括约肌收缩引起的剧烈疼痛，有时大便时粪便的表面还带血。出现这种情况应当积极的给予保守、药物治疗，可以注意饮食，避免辛辣和刺激的食物，可以用温盐水进行坐浴促进创面的愈合防止感染，局部涂抹太宁膏可以促进创面的愈合。如果肛裂时间比较长疼痛剧烈，应当积极的行手术治疗，可以行扩肛术缓解肛门内括约肌痉挛，然后行肛裂切除术。第二、排便时肛门疼痛还有可能原因是肛周脓肿，表现为肛周质硬的包块，出现这种情况应当积极的行肛周彩超明确诊断，可以行肛周脓肿切开引流术来缓解症状。