对于细菌性尿道炎的治疗主要是依赖于抗生素，常用的抗生素有头孢类抗生素、大环内酯类抗生素、喹诺酮类抗生素等，可以选用的有头孢地尼、左氧氟沙星、环丙沙星、阿奇霉素，上述药物效果都较好。
细菌性尿道炎常由大肠杆菌、链球菌、霉菌、支原体、衣原体等多种病原体感染造成，上述抗生素均能有效覆盖以上菌群。准确的治疗细菌性尿道炎，应根据尿培养的敏感菌决定具体的抗感染方案，患者生活中要注意多喝水、多排尿，避免憋尿和久坐等行为。