感染性腹泻的病原体可以是细菌也可以是病毒。如果是细菌，有可能是大肠埃希氏菌，大肠埃希氏菌又叫做大肠杆菌，在肠道内是条件致病菌，大多数是不致病的，但有大肠埃希氏菌能够产生毒素，比如肠致病性大肠埃希氏菌、肠侵袭性大肠埃希氏菌，甚至产志贺毒素的大肠埃希氏菌，这些可以产生毒素造成明显的腹泻症状。另外，细菌中还有可能是其他的比较特殊的病原微生物，比如志贺菌属、沙门菌属的细菌，金黄色葡萄球菌、副溶血性弧菌、艰难梭菌等也有可能造成腹泻，这是与细菌相关的。病毒同样也可以造成肠道的感染，出现腹泻，比较常见的有轮状病毒、诺如病毒、肠腺病毒等。