甲状腺炎的最佳治疗方法是针对病因，结合甲状腺功能进行治疗，甲状腺炎有很多种，具体如下：
一、急性化脓性甲状腺炎，这种甲状腺炎多为细菌感染所致，因此治疗上需要给予抗生素治疗，若甲状腺形成了脓肿，就需要外科引流治疗。
二、亚急性甲状腺炎，这种甲状腺炎是由于病毒感染以后，诱发了甲状腺的免疫炎症反应。因此治疗上需要给予消炎止痛治疗，并根据甲状腺功能的情况进行对症的处理。
三、慢性淋巴细胞性甲状腺炎，这种甲状腺炎是由于机体产生了针对甲状腺的自身免疫反应抗体，导致甲状腺的破坏。早期可表现出甲状腺功能的亢进，晚期可以出现甲状腺功能的减退。甲亢期可给予控制交感神经兴奋的药物治疗，不需要给予抗甲状腺的药物，甲减期要给予甲状腺激素的替代治疗。