头疼是临床上非常多见的一个症状，原因多种多样，睡觉以后头疼，在临床上也非常多见，主要有以下几个方面的原因：
第一、偏头疼，睡觉醒来以后出现偏头疼原因不是非常明确，主要以女性为主，一般在青春期发病，月经期容易发作，一部分人有遗传倾向。怀孕或者绝经后，头痛发作的次数会有减少或者停止，一部分人在睡觉以后诱发偏头疼，可能跟内分泌和代谢障碍有关。
第二、过长时间的睡眠，本来放松的头颈部肌肉因为睡姿不良，需要长时间保持固定的姿势，会逐渐变得僵硬和紧张，从而形成肌紧张性头疼。第三、睡眠呼吸暂停的病人，由于睡眠时上呼吸道不通畅，形成鼾鸣音而造成睡眠时低氧血症，低氧血症持续时间长，会在睡觉清醒后出现头疼的症状。
要根据病人的伴随症状、年龄、性别等多种因素，来判断醒后头疼的病理原因。