正常阴道内有多种微生物存在，这些微生物与宿主之间互相依赖，相互制约，达到动态的生态平衡，并不致病。
阴道内正常的优质菌为乳杆菌，可以保持阴道的酸性环境，维持阴道微生物生态平衡。如果经常盥洗阴道或者频繁性交，使阴道的pH值升高，不利于乳杆菌生长，或者长期应用广谱抗生素抑制乳杆菌生长，使阴道的菌群失调，就会导致阴道炎性疾病。
如果厌氧菌过多生长，可以导致细菌性阴道病，真菌过度生长，可以导致霉菌性的阴道炎。如果外源性的病原菌，比如阴道毛滴虫侵入，可以导致滴虫性的阴道炎。