患者甲胎蛋白高，想要降低，最好的方法是针对引起甲胎蛋白高的原因进行处理，自然就会出现降低。因为甲胎蛋白常见的升高原因包括急性肝炎、肝硬化、肝癌，以及胚胎源性肿瘤、妊娠，需要针对这些原因进行处理。如果是肝癌引起的甲胎蛋白高，针对肝癌进行有效地切除、控制，甲胎蛋白就会出现下降。针对急性肝炎、肝硬化，只要得到有效控制，肝脏再生减少、肝细胞坏死减少，甲胎蛋白也会有所下降。针对其它的胚胎源性肿瘤，或者其它的恶性肿瘤、良性肿瘤引起的甲胎蛋白升高，主要是针对病因进行处理。
有一些患者甲胎蛋白轻度升高，但是并没有发现任何异常，针对这种情况主要是观察甲胎蛋白的数值走势趋势，来判定是否有相关异常的情况，在早期没有通过影像学发现，而不是要致力于把甲胎蛋白降低。因为甲胎蛋白并不是坏的东西，它是一个提示标志物，可以用于提示目前身体的状况，而不是甲胎蛋白高就会引起一系列的不好症状或者表现，更重要的是观察甲胎蛋白的趋势，而不是单纯的为了把它降下来。