青少年脑萎缩原因有很多种，
第一、先天性因素，由于胚胎时期脑发育受各种各样的环境因素影响，有一部分人在胚胎发育时脑部出现全脑或者部分脑叶萎缩这是原因之一，可能跟宫内病毒感染或者缺氧有一定关系。
第二、小孩在发育过程中受外界影响，比如在7岁以前或者3岁以前得过脑炎也可能受过外伤，受到影响的脑叶会出现脑部萎缩。
如果受到严重的损伤，比如中毒，广泛一氧化碳中毒也好，药物中毒也好或者广泛的脑炎、脑膜炎也好都会出现脑萎缩的症状。
第三、遗传疾病，遗传疾病之后脑部的代谢受到影响，比如糖类代谢、脂类代谢，由于代谢影响脑部的功能不能正常发育，因此会出现脑萎缩。
当然脑萎缩之后脑功能或者神经功能是不是一定受到影响，这倒不一定。有很多人虽然影像学上有脑部的萎缩，但是其实功能上并没有什么太大的影响。
主要是因为小孩发育过程中只要后续发育正常，有足够的时间和空间进行代偿，另外神经组织也有重建的可能，这样可以一直保证功能不受影响。