艾滋病核酸检测可以检测体内HIV病毒的载量，如果诊断HIV病毒感染应该应用抗病毒药物，抗病毒药物可以降低HIV病毒的载量，从而减轻对CD4+T淋巴细胞的攻击，使CD4+T淋巴细胞恢复至正常。
目前的抗病毒药物有六大类30多种，包括核苷类反转录酶抑制剂、非核苷类反转录酶抑制剂、蛋白酶抑制剂、整合酶抑制剂、融合酶抑制剂、CCR5抑制剂，常用的药物有富马酸替诺福韦、恩曲他滨、拉米夫定、依非韦伦、齐多夫定、拉替拉韦、多替拉韦钠等，抗病毒药物大多数有一定的副反应，做检测可以监测抗病毒治疗效果。