脚踝腱鞘囊肿多以针灸、药物及手法治疗为主，必要时可以采用手术治疗。选择针灸治疗是在患处以三棱针垂直点刺，或者以针灸针围刺的方式刺入囊肿内，起针后在肿块四周加压，使囊肿的内容物挤入皮下，部分胶状黏液可从针孔中挤出，同时再用无菌敷料覆盖，也可以选择注射器抽吸治疗。
此外，可以选择药物治疗，在抽吸后可使用激素类药物进行封闭治疗，可配合手法进行理筋复位，多是用拇指压住囊肿，加压、挤压囊肿，使囊壁破裂，破裂后再局部按摩，使囊内液体充分流出散于皮下，逐渐减少或消失。但如果上述方法均效果不佳，可以选择手术治疗，手术治疗要仔细、完整切除囊壁。如果还遗留囊壁，存在复发的可能。