牙颌畸形是多种因素或多种机制共同作用的结果，其发生过程可能由单一因素及单一机制在起作用，也可能是多种因素或多种机制共同作用的结果。病因可分为内在的遗传因素和外界的环境因素，遗传因素在牙源性和骨源性的牙颌畸形上均可表现，环境因素中的口腔不良习惯和替牙故障是牙颌畸形的常见病因。
一、主要病因
1、遗传因素：可通过两种途径影响牙颌畸形的形成，第一种可能是在牙的大小与颌骨大小之间的遗传性不协调，即牙量和骨量不调，从而产生牙拥挤或者牙列间隙。第二种则可能是在上、下颌大小或形状之间的遗传性不协调，这将会导致异常的颌关系。
2、环境因素：在儿童生长发育过程中，随着牙齿与颌面部形态的不断发育与完善，牙颌系统的咀嚼、吞咽、发音、呼吸等口腔功能也在不断得到发育和发挥。与此同时，口腔功能行使过程中所带来的各种功能性刺激，反过来会促进牙颌的生长与发育。
3、下颌发育过度或不足：发育不良可能会造成畸形，并且会表现出遗传特性。
4、胚胎发育异常：如果母亲在怀孕期间环境异常或者存在营养不良、损伤、感染等情况，也可能会造成牙颌畸形。
5、代谢障碍和内分泌功能失调：慢性营养不良会影响骨骼的正常发育，引起牙颌畸形。
二、诱发因素
1、口腔不良习惯：因口腔不良习惯造成的牙颌畸形，约占各类牙颌畸形病因中的1/4左右，牙颌畸形的发生及其程度与不良习惯的作用频率、持续时间和强度等因素有关，主要的口腔不良习惯，包括吮指习惯、唇习惯、舌习惯、偏侧咀嚼习惯、咬物习惯和睡眠习惯。
2、乳牙期及替牙期的局部障碍：牙颌发育过程中的任何全身或局部障碍，都会影响乳牙期及替牙期的正常发育，造成牙的数目、位置、形态以及牙替换等方面的异常，是形成牙颌畸形的常见诱发因素。