儿童生殖器小主要有以下原因造成：1、营养不良可以造成生长发育迟缓，造成生殖器小。2、当患有隐睾就会表现为生殖器隐匿在阴茎与耻骨前的脂肪里，使阴茎海绵体的部分埋藏在皮下组织，从外观看起来比同龄儿童小。3、当患有先天性遗传性疾病，也可造成生殖器小。4、当患有肿瘤也可以出现生殖器短小。5、当患有先天性内分泌方面的疾病，可以导致生殖器外观短小，总之以上几种原因都可以造成生殖器短小。