木鳖子本身就是用的仁，取里边的仁用，开药的时候就开木鳖子。木鳖子一般来说是外用的，它苦、微甘，是有毒性的，因此大部分木鳖子用于外用。这个药入肝经、脾经、肺经，主要作用就是消肿散结、祛毒，治疗臃肿、疔疮、瘰疬、痔疮，还可以治无名的肿毒、皮肤的癣、疮，以及风湿的痹痛、经脉拘挛等病证。
一般研末调服之后涂在患处或者是水煎之后熏洗，也可以微量的入丸散，但是一定要有经验的人去用，孕妇或者体虚者忌服。