手足口病通常在接触手足口病病人之后有2-10天的潜伏期，在发病早期的时候孩子可以表现为疲倦、食欲下降、低热、身体不适、腹痛等前期症状。发热1-2天之后孩子口腔黏膜会出现散在的疼痛性的粟粒大小的水疱，同时手掌、足底、臀部等处可以出现红色的小的斑丘疹或者疱疹。有极个别患者仅表现有皮疹或者仅表现疱疹出现在咽颊部，个别的患者也可以没有皮疹出现。
少数重症的患者可以有中枢神经系统的损害，一般表现为头疼、呕吐、烦躁、肢体抖动、肌无力、颈项强直，可以表现出类似脑膜炎或者脑脊髓膜炎的症状。有一部分重症患者可以出现心肺功能衰竭的表现，比如心率快、呼吸困难、四肢厥冷、血压增高，严重的可能会导致休克甚至危及生命。