十三价肺炎疫苗的副反应主要包括发热、食欲不振、睡眠障碍、疲劳、头痛等。严重的会有打寒颤，肌肉或者是关节酸痛、疼痛，注射部位局限的红肿、结节。
一般它的副作用非常短暂，随着注射的时间推移慢慢恢复。尤其是在第一针的时候反应会比较明显，打针以后会出现发烧甚至高于38℃左右。皮下局限的红肿、结节，第二针的时候发热就会比第一次减轻，第三次会更轻，有的人接种完以后可能不会存在发热。