导致跑步时右边腹部疼痛的原因主要包括以下几方面：
1、腹壁软组织、肌肉挫伤引起，跑步的时候由于肌肉组织运动，进而引起腹部疼痛；
2、肠道消化吸收功能紊乱，由于平时饮食不注意，进食较多辛辣刺激食物等，导致肠道蠕动、消化吸收紊乱。跑步时由于人体的运动会导致肠管以及机体肠道蠕动加快，进而引起疼痛；
3、阑尾炎引起，慢性阑尾炎平时一般疼痛程度较轻，跑步时随着机体运动会引起肠道以及阑尾位置的变化，进而导致疼痛；
4、泌尿系统疾病，包括结石以及泌尿系炎症，一般泌尿系统疾病引起的疼痛还会伴有尿频、尿急以及尿中带血的尿常规异常表现。
如果疼痛程度较轻，可以先用暖水袋热敷局部治疗。如果疼痛剧烈，需要及时到医院外科就诊。