肾盂肾炎是临床上最常见的感染性疾病，急性肾盂肾炎的治疗首先是控制症状，消灭致病菌，按细菌敏感试验选择最强有力的抗生素。
一般在给药后24-72小时内明显好转，抗生素的疗程为7-14天，对严重的感染或者混合感染可联合使用抗菌药，发挥药物的协同作用和抗菌能力。
而慢性肾盂肾炎的治疗先应该寻找易感因素并设法纠正，同时根据药物敏感试验选择1-2种敏感且毒副作用小的抗生素，如新诺明、环丙沙星、呋喃妥因、头孢氨苄等，每次疗程至少2-3周。
停药1周后复查尿细菌仍然阳性，可另选敏感抗生素继续治疗1-2个疗程，必要时可以服用3-6个月或者1年以抑制尿中细菌的生长、繁殖，控制尿路感染的发作。