嘴上长小水疱有以下原因：
1、接触单纯疱疹病毒感染患者后，引起疱疹性口疮，在口唇部形成簇状小水疱，破溃后形成大片表浅溃疡。
2、水痘带状疱疹病毒引发带状疱疹，口腔黏膜及唇部出现较大水疱，聚集成簇，疼痛剧烈。
3、柯萨奇病毒A4引发疱疹性咽峡炎，唇部、扁桃体等处出现丛状小水疱，柯萨奇病毒A16引起手足口病，在口唇部出现密集的小水疱，迅速破溃。