益生菌如果治疗时用一般短期应用，比如治疗肠道菌群失调引起的腹泻，可以待症状消退以后，应用一段时间就逐渐停药。益生菌在腹泻的治疗有的时候作为辅助用药，根据腹泻的不同原因，采用不同的用药，加上益生菌来起到一定的缓解腹泻的作用。随着症状的缓解，一定要及时停药。
益生菌也可以作为保健品，作为保健用药，保健品的使用可以适当的延长使用时间，但最好也在医生或者药师的指导下使用。一般作为保健使用，使用期间有效，如果随着益生菌的停止使用，可能疗效会消失。益生菌是有益于肠道健康的细菌，有利于营养物质的吸收，但是具体哪些益生菌适合哪类具体的人，目前没有一个明确的结论，所以益生菌切记不可长期大量的使用。临床也没有长期应用益生菌对人体更加有益的证据，所以一般都是短期适量的应用。关于更具体的益生菌使用的注意事项，可以咨询药师或者医生。