脑囊虫病一般需要长期间歇性治疗，主要消除囊虫虫卵和囊尾蚴，选择药物驱虫治疗，对症治疗，根据病人的临床分型，决定疗程长短。药物驱虫不佳或不宜进行药物驱虫时，可进行手术治疗。
一、一般治疗
1、去除诱因：增强患者抵抗力，注意饮食，勿食用未熟的食物，注意卫生。
2、控制颅内高压：常规应用甘露醇和皮质激素以减轻脑水肿。
二、急症治疗
1、可静脉输注甘露醇，加用地塞米松等缓解急性颅内压增高，药物控制不佳时，还可行脑室分流术、颅脑开窗减压术降低颅内压。
2、如患者处于过敏性休克状态，可皮下注射肾上腺素，静脉输注氢化可的松、葡萄糖液缓解症状。
3、可选用地西泮、苯妥英钠等药物对症处理癫痫频繁发作。
三、药物治疗
阿苯达唑、吡喹酮：脑实质和蛛网膜下隙的囊虫用药物治疗常常可获得较好的疗效。用槟榔、南瓜子驱虫后，口服阿苯达唑、吡喹酮或丙硫米唑。在服药过程中，为减轻最初几天因药物导致囊虫死亡而致的急性炎症，应给予地塞米松，对伴头痛、呕吐等颅高压症状、癫痫发作者还要给脱水剂和抗癫痫处理。
四、手术治疗
适用于驱虫治疗无效或不宜行药物驱虫治疗的病人，常用术式及适应证如下：
1、颞肌下减压术：适用于弥漫性脑实质囊虫，伴严重脑水肿和高颅压，经驱虫、脱水、激素治疗后仍存在颅内高压甚至危及生命者。
2、脑室-腹腔分流术：适用于蛛网膜下腔型或脑室型合并脑积水、颅内高压者。但是如果伴发蛛网膜炎，脑脊液蛋白明显升高，分流术容易失败。
3、囊虫摘除术：适用于脑实质单发或多发巨大囊虫、脑室内或蛛网膜下腔囊虫。囊虫摘除术前后仍需药物治疗。