高密度脂蛋白胆固醇偏低可能是由于患者本身存在冠状动脉粥样硬化性疾病，或者患者平日里总是吸烟、饮酒，有些不良的生活习惯，时常劳累、熬夜，精神压力大，高脂饮食或者本身患有糖尿病。
除此之外，有些患者可能存在脂肪肝或者存在家族遗传性的心脑血管疾病，也会使高密度脂蛋白胆固醇偏低。高密度脂蛋白胆固醇是一种好的质蛋白，有助于预防动脉粥样硬化的进展。如果出现偏低的情况，必要的时候建议患者可以口服他汀类的药物，代表性药物有阿托伐他汀、普伐他汀等，有助于提高高密度脂蛋白胆固醇。