尖锐湿疣作为一种外生殖器皮肤表面的疣，完全可以通过外用药物治疗，常用的外用药是咪喹莫特乳膏，这种药膏既可以祛除疣体，又可以达到防止复发的目的。但是作为祛除疣体药膏，又有比较慢，还有其它的药水或者其它物理手段，比如电灼、激光、微波、冷冻，这些手段的祛除疣体比较快，比咪喹莫特乳膏有效，而且准确性会更高。
因为药膏在抹的时候，抹的范围比较大，有的地方不需要抹很多，有的地方不多也不够，所以通过抹药膏的方法来治疗，尤其是比较大的使用效果不是很好，往往先用其它手段把疣体去掉，剩下小的再去用药膏抹或者用咪喹莫特乳膏用来防止复发。另外，除了咪喹莫特乳膏以外，干扰素也可以用，而且广泛应用，属于外用制剂。