瘘管发炎后化脓了，需切开排脓，放置引流条，每天换药，同时需口服抗生素，如阿莫西林克拉维酸钾等，直到炎症控制后抽出引流条。伤口愈合后一周，同时需行瘘管切除术，以免引起日后反复感染化脓。
瘘管平时无症状时，可不必治疗，一旦出现一次感染化脓，则容易反复感染，需进行瘘管切除，可局麻下或全麻下进行。手术中一般用美蓝作为导引，避免切除瘘管不干净，导致瘘管残留复发。因此，对于发炎的瘘管，需要进行手术治疗。