动脉瘤介入手术的后遗症，包括全身性后遗症和血管腔内移植物的后遗症。前者包括心肌梗死，造影剂导致的造影剂肾病，以及器官的缺血。后者包括血管的损伤，还有早期、晚期的内瘘，置入的血管腔内的覆膜支架移位，以及组件分离、支架断裂、肢体血栓形成和移植物感染。
支架置入手术的后遗症很少需要转为开放手术进行处理，一般在发生后可以再次使用腔内的技术进行处理，包括使用再次放置支架，以及改善局部的血液循环，避免出现器官坏死。如有必要，患者也需要进行开放性手术。