尖锐湿疣的治疗药物有很多，都是针对抗病毒和提高免疫力的药物，抗病毒药可以静脉点滴更昔洛韦注射液，肌注干扰素，口服伐盐酸伐昔洛韦颗粒、泛昔洛韦片、阿昔洛韦胶囊。
此外，还可以用提高免疫力的药物，像转移因子胶囊、溶菌酶肠溶片、牛脾肽口服液等。如果疣体反复发作，可以疣体基底部注射干扰素和外用干扰素凝胶。此外，疣体大、面积多泛发的尖锐湿疣，还可以选择外用药物，像25%的竹叶草脂涂剂、鬼臼毒素酊和咪喹莫特乳膏等。