肾脏结石可以引起腰痛，其引起腰痛的原因是肾脏结石造成肾积水。当急剧性的肾积水可以引起肾盂内压力增高，可以造成肾包膜的张力肿大。
肾包膜上富含有许多敏感的痛性神经元，当受到一定的刺激后可以产生有疼痛的症状，所以肾脏结石就可以引起腰痛。
如果肾脏结石没有造成右肾积水，此时肾盂内压力不高，肾包膜并没有明显的张力升高，此时不会产生有明显的疼痛。所以有部分肾结石的患者，可能没有任何的疼痛。
这时结石位于某个肾盏之内或者非梗阻的部位，所以并不合并有肾脏积水。肾脏结石还可以因为感染而引起腰痛。结石长时间停留可以导致肾盂内感染概率提高。
一旦发生感染以后，可以出现有黏膜局部的炎性反应，造成糜烂、破溃等，也可以产生腰痛的症状。