结肠炎在发作时往往以腹泻为主要表现，如果伴随有大便中查有白细胞，或者查血常规、血象增高，可以应用抗菌药物，也就是消炎药物，常见的有氟喹诺酮类抗炎药，比如诺氟沙星、氧氟沙星、左氧氟沙星等等。
另外，三代头孢类也可以应用为针对革兰阴性杆菌的杀菌药，比如头孢噻肟、头孢哌酮以及其他的相关头孢类的药物，结肠炎如果出现腹泻，单纯的腹泻不建议直接应用杀菌药物，如果大便中查有白细胞，查有痢疾杆菌，查血常规、血象增高等可以应用抗菌药物，也就是消炎药物。