矮小症的病因、发病机制都比较复杂，不同类型矮小症其病因也不同，可能与以下几种情况有关：
1、遗传因素：比如家族中有矮小症，或者体质性生长发育迟缓，可能会遗传下一代，与母亲因素有关。
2、基因突变：特别是婴儿期生长发育比较迟缓，2岁以前没有赶上正常情况。
3、病理性：长期处于一种营养不良，导致体内缺乏生长激素。
4、其他：还有些患者比如性早熟、骨骼发育异常。
矮小症的病因本身就很多，有些好发于家族遗传史的人群，比如父母亲有近亲结婚、后代生长激素缺乏，或者精神生理疾病也可以诱发。病因不同，表现也不同，所以一旦发现矮小症，要积极到医院进一步进行早期诊断和早期治疗。