孢子菌感染常见于免疫系统严重受损的患者，最常见的是HIV感染，当疾病进入艾滋病发病期时最常出现机会性感染，也可以见于长期使用免疫抑制剂的患者。当患病时最典型的表现是进行性加重的活动后气促，以及反复的高热，体温通常可以达到39-40℃，有部分甚至可以呈现出超过41℃的超高热。胸部查体常常没有明显的特征性体征，但是胸部CT检查可以发现双肺呈现不同程度的磨玻璃样改变，双肺的间质受损。血气分析提示患者出现顽固性的低氧血症，使用常规的抗感染药物通常病情无法得到缓解，需要经过复方磺胺甲恶唑以及棘白菌素类的药物，例如卡伯芬净的治疗才有效，当有严重的低氧血症时还可以联合使用激素进行有效的治疗。