对于胃间质瘤危险度的分级，主要根据中国胃肠间质瘤诊断治疗与规范进行危险度的分级，分别为极低危险度、低度危险度、中等危险度以及高危险度四级，其危险度的分级主要是与肿瘤的大小以及病理性核分裂象数的多少等有密切的关系。
一般极低度危险度肿瘤<2cm，病理性核分裂象≤5cm，而低度危险度肿瘤>2cm，但是小于等于5cm，病理性核分裂象≤5cm，而中等度主要是肿瘤≤2cm，其病理性核分裂象>5cm。高度一般肿瘤较大，大于5cm，而病理性核分裂象要>5cm。如果肿瘤发生破裂则属于高等危险度，无论肿瘤大小以及病理性核分裂象数有多少，其都属于高度危险度。因此建议患者一定要密切随诊，尽量早发现早治疗，防止发生恶变。