阿奇霉素治疗支原体的疗程取决于支原体的类型和感染的部位。疗程在1-3周不等。
肺炎支原体引起的上呼吸道感染，一般疗程7天左右。肺炎支原体引起的下呼吸道感染，如气管、支气管肺炎，一般疗程2周左右。解脲支原体、生殖道支原体、人形支原体引起的泌尿生殖道感染，即通过性传播的支原体感染，一般疗程2周以上。因为既往2周时间发现部分人复发率比较高，延长到3周治疗后会明显减少复发。另外，阿奇霉素耐药率较高，如果治疗泌尿生殖道的支原体，尽可能选择四环素类药物，而不首选阿奇霉素。
患者使用阿奇霉素需要遵照医生处方足量、足疗程应用。病情完全控制前症状可能会有所减轻，但不要轻易减量、停药。抗菌药物的药效依赖于有效的血药浓度，如达不到有效的血药浓度，不但不能彻底杀灭细菌，反而会使细菌产生耐药性。