小儿抽动症病因考虑可能是遗传因素，还有神经、生理、化学及环境因素相互作用的结果，其实抽动症一组疾病病因复杂，具体病因到目前为止都不清楚，结合近几年来国内外的研究发表，该病的发生可能是遗传因素、神经、生理、生化以及环境因素等相互作用的结果，主要是遗传因素，这方面的研究发现遗传方式尚不明确，可能为常染色体显性遗传，表明发现有很多大部分的抽动患者，显示具有家族的聚集性，还有遗传的易感性。
抽动症还可能与围生期的损害，比如产伤、止血有关，抽动综合征患儿50%-60%脑电图异常，主要为慢波和棘慢波的增多，还有儿童受到精神的创伤，过度的紧张可诱发和加重这个症状，所以考虑还有和心理、社会因素相关，还有和其他因素相关的证据，抽动症可能与β-溶血性链球菌的感染引起的自身免疫有关。某些药物如中枢兴奋药、抗精神病药，也可能是诱发该病的障碍，有些学者对此症还考虑可能与饮食习惯有密切关系，如喜欢吃富含色素和食物添加剂食物的孩子，还有大量饮用含咖啡因饮料的孩子，容易得此病，得病的机会就会增加。