支原体的潜伏期较长，一般潜伏2-3周，所以一般2-3周会出现症状，但是因为支原体在泌尿生殖道存在着定植现象，所以人群中存在着相当数量的支原体携带者，而没有症状和体征。支原体感染易引起泌尿道、生殖道炎症，如尿道炎、阴道炎、宫颈炎、子宫内膜炎、盆腔炎，严重者可导致孕妇感染，引起胎膜早破、早产、胎儿出生体重低。女性感染部位常在宫颈，然后侵袭阴道，导致支原体阴道炎，多数患者无明显不适，少数重症病人有阴道下坠感，当感染扩散至尿道时，患者会出现尿频、尿急，感染局限在子宫颈时，表现为白带增多、混浊，子宫颈水肿、充血或表面糜烂，感染扩散至尿道表现为尿道口潮红、充血，挤压尿道口有少量分泌物外溢。
肺炎支原体感染起病缓慢，潜伏期为2-3周，病初有全身不适，及乏力、头痛，2-3天后出现发热，体温常达39℃左右，伴有咽痛和肌肉酸痛。咳嗽为本病的突出症状，初为干咳，后转为顽固性剧咳，少数患者可类似百日咳样阵咳。