怀孕45天有褐色分泌物这种情况，一个可能性是先兆流产，另一个可能性是宫外孕。首先，女性在怀孕以后，可能会出现早孕反应的表现，阴道出血或者是出现下腹部隐痛，在一部分女性也会发生，这种情况称为先兆流产，大多数经过1-2周的休息和保胎治疗以后症状会有所缓解，并且出血会停止，这种情况可以继续妊娠，母儿的结局也是良好的，所以绝大多数的先兆流产是没有太大的关系，适当的休息和保胎就可以了。
但是，也有一部分的先兆流产会逐渐演变为直接的自然流产，也就是胚胎停止发育或者直接发生流产的现象，所以要看阴道出血的多少，如果是出血持续的存在或者阴道出血增多，就要小心发生了自然流产。另一个可能性就是宫外孕，宫外孕在妊娠早期也会出现阴道少量出血的现象，并且会伴有腹痛，开始的腹痛不是很严重，可能会有一侧下腹部的隐痛，如果宫外孕破裂导致大出血，就会有一侧下腹部的剧烈疼痛，同时伴有肛门坠胀感，甚至严重会引起失血性休克。