肥胖患者跑步出现膝盖疼痛，可以采用以下几种方法处理：
第一、应停止运动，主要保护膝关节，使膝关节休息，一般1-2周后疼痛症状会缓解，也可以口服塞来昔布胶囊使临床症状减轻。
第二、肥胖患者在进行减肥的过程中，不应直接选择跑步，而应该进行有氧运动，并控制饮食，有氧运动通常选择游泳训练，能够减轻膝关节压力，缓解膝关节的疼痛症状。
第三、膝关节疼痛症状较重时，需要拍摄核磁共振，确认是否有严重的软骨损伤和半月板损伤。如果有以上结构的重要损伤，需要考虑关节镜微创手术治疗，才可以缓解临床症状。
因此，肥胖患者跑步出现膝关节疼痛后，一定要及时到骨科门诊就诊。