如果男性小便时流脓，需要到医院进行化验检查，明确病因，并对症处理。可能的原因如下：1、尿道化脓性的炎症，通常没有不洁的性接触史，而是感染细菌后，或者不注意个人卫生造成局部感染，出现尿液流脓现象，并且伴有尿频、尿急、尿道内刺痛等症状。建议留取脓液做细菌培养，明确诊断后再进行抗感染治疗。2、如果患者有过不洁的性接触史，伴有小便流脓，高度怀疑患有性传播疾病，如淋病或者非淋球菌性尿道炎。需要留取脓液做淋球菌培养，还要做支原体、衣原体的培养。如果查找到上述病原菌，需要进行规律的抗感染治疗。治疗期间禁忌性生活，以免造成性伴侣传染。