细菌性阴道炎如果一旦确诊，就应该积极的进行规范性治疗，首选的治疗药物为甲硝唑阴道栓剂上药，局部用药治疗，一般连续7天为一疗程。
因为细菌性阴道炎一般为加德纳菌和厌氧菌混合性感染，而甲硝唑对于厌氧菌感染是非常有效的，而且阴道用药很少产生恶心、口腔异味等副作用。
也可以用替硝唑栓来进行代替，也可以进行阴道上药。如果对于这些药物过敏的患者，也可以使用克林霉素阴道的制剂来进行治疗细菌性阴道炎。